Het remsysteem van de FS1 bestaat uit twee hoofdcategorieën, trommelremmen en schijfremmen. De trommelremmen, welke vocht- en stofdicht zijn, waren uitstekend geschikt voor de FS1.Toch besloot Yamaha op de latere modellen (in de zogenaamde "DX" uitvoering) een schijfrem te plaatsen voor meer remkracht.

 

Trommelremmen

In de trommelremmen zijn slechts drie verschillende versies, waarvan één type achterrem en twee types voorrem. Hierbij kijken we niet naar de naven, maar enkel naar de remplaten.

De FS1 heeft op het achterwiel altijd een trommelrem gehad. Het enige verschil wat hierin te vinden is, is de remankerplaat. Er zijn remankerplaten waar een gat in zit om de staat van de remschoen te kunnen controleren zonder het wiel te demonteren. De remankerplaat zonder gat is geleverd tot en met 1976 en met gat (en dus ook de transfer “Check brake lining”) is daarna geleverd.
Er bestaat een verschil tussen gespoten en ongespoten naven en remankerplaten. De oude types zijn vaak blank, gepolijst aluminium en de nieuwe types zijn vaak gespoten zilvergrijs. Enkel in 1976 zijn oud type ankerplaten geleverd met gat én transfer. Ook hebben deze remankerplaten dikkere assen voor montage van de remhevel.

 

Schijfremmen

De schijfremmen op de FS1 zijn uitsluitend op het voorwiel geleverd. Hierin bestaan drie uitvoeringen, de remklauw zit twee uitvoeringen aan de voorzijde van de voorvork gemonteerd en bij één uitvoering aan de achterzijde van de voorvork. Een FS1 met schijfrem wordt ook wel FS1 DX genoemd.

De allereerste schijfrem op een FS1 werd geleverd in 1975 en is daarna enkel nog in 1976 geleverd. De remklauw is gemonteerd aan de voorzijde van de voorvork en heeft een metalen plaatje met de letters Yamaha in het zwart en een omlijsting in het rood. Bij deze schijfrem hoort een rond remvloeistofreservoir op het stuur.

In 1977 werd het uiterlijk van de schijfrem gewijzigd naar een model met een volledig zwarte remklauw met uitstekend de letters Yamaha erop.
Een andere wijziging bij deze uitvoering was een vierkant remvloeistofreservoir.
De naven, schijven en remleidingen zijn bij zowel het model uit 1977 als het model uit 1978 gelijk.

Het laatste model schijfrem heeft hetzelfde remvloeistofreservoir als de modellen van 1977 en 1978, maar wel een andere remklauw. Bij dit model zit de remklauw bevestigd achter de voorvork. Dit houdt tevens in dat de vorkpoot ook van een ander model is en dus de remklauwen van de oudere types hier niet op gemonteerd kunnen worden.